Legvalószínűbb, hogy kitöröltetek mappákat a korábbi modellből, pl. mert a második házinál két IntelliBus System package-etek lett és az elsőből kivettétek a Functional Architecture package-et. Ilyenkor elrejtve a merge ablak nézetében lehet látni, hogy az automatikus conflict feloldás elvetette a mostani háziban bekerült elemeket, mert előnyben részesítette a törlés műveletet a tartalmazó package-re.
A megoldás az, hogy a merge ablak segítségével el kell vetni minden törlés, és elfogadni minden beszúrást. Ehhez a nézetben érdemes szűrni ezekre a típusú változtatásokra, és az elfogadásnál lesznek conflictok, amiket jobb oldalon kell feloldani úgy, hogy jobb klikkeltek az elemre és accept.